1972 год – важнейший рубеж в развитии высшего образования в Марийской АССР. С основанием Марийского государственного университета впервые появилась возможность подготовки специалистов с университетским образованием. В период с 1972г. по 1985г. ректорами университета работали В.Э.Колла, доктор биологических наук, профессор (1972–1982гг.) и П.А.Соколов, доктор сельскохозяйственных наук, профессор (1982–1985гг.).
С 1 сентября 1972г. в университете начали функционировать 4 факультета (исторический, биолого-химический, физико-математический, сельскохозяйственный), подготовительное отделение, 10 кафедр, научно-исследовательский сектор, 20 кабинетов и лабораторий. Обучение велось по 10 специальностям. Из МГПИ им. Н.К.Крупской в университет был передан факультет естествознания, преобразованный в биолого-химический факультет. 25 ноября 1972г. состоялось торжественное открытие Марийского государственного университета. В 1972–1973 учебном году на дневную форму обучения было принято 425 человек, на заочную – 25 человек. С учетом естественного факультета, переведенного из МГПИ им. Н.К.Крупской, в МарГУ обучалось 1348 студентов.
В 1973г. студенты МарГУ включились в движение по организации студенческих строительных отрядов. Первый отряд «Орион» был сформирован из слушателей подготовительного отделения и студентов I курса физико-математического факультета. Осенью 1973г. при комитете комсомола был создан штаб студенческих строительных отрядов, в состав которого входили командир Валерий Чепайкин, комиссар Лидия Канатеева (ныне председатель профкома Л.А.Садовина), Валентина Янагаева. Штаб активно занимался формированием стройотрядов на всех факультетах. В итоге в 1974г. к работе на важных объектах республики подлючились отряды «Орион», «Кварк» (ФМФ), имени Че Гевары, «Рвезылык» (ИФФ), «Кристалл» (БХФ).
В марте 1975г. постановлением Госкомитета по науке и технике Совета Министров СССР при университете была создана Проблемная научно-исследовательская лаборатория (ПНИЛ-1) по изучению фармакологической регуляции восстановительных процессов в органах и тканях, а в декабре 1976г. – Проблемная научно-исследовательская лаборатория (ПНИЛ-2) по изучению методов и средств повышения урожайности сельскохозяйственных культур. В сентябре 1975г. организован научно-исследовательский сектор, руководили которым Ф.Т.Тазеев и доцент И.Т.Бачикин.
В 1975г. состоялось открытие археологического музея. Это был единственный археологический музей в Республике Марий Эл. Идея создания музея принадлежала В.С.Патрушеву. В оформлении музея принимали активное участие Т.Б.Шикаева (Никитина), Б.С.Соловьёв, С.В.Нефёдов, И.И.Кугуелова (Зеленеева), К.А.Рокин, С.А.Аристов, Е.Е.Мустаев. Материалы стендов ярко характеризуют историю марийского края с древнейших времён до эпохи средневековья и позволяют раскрыть вопрос о происхождении марийского народа и древностях других финно-угорских народов Европейской России.
Музей истории Марийского государственного университета открыт 28 февраля 1978г. Всё началось с комнаты Трудовой и Боевой славы. Исходными материалами для создания экспозиций такой комнаты в МарГУ послужили результаты работы студенческой группы «Поиск», руководимой доцентом М.Т.Сергеевым. Группой была проделана большая исследовательская работа, накоплено большое количество интересных материалов, что послужило в дальнейшем открытию музея, которое состоялось 23 февраля 1978г. руководителем музея был назначен доцент В.С.Патрушев. По ряду причин деятельность музея была приостановлена в 1984г., но через два года, в октябре 1986г., было принято решение об открытии нового музея в учебном корпусе сельскохозяйственного факультета (корпус В) в рекреации площадью 82,5кв.м. Руководителем музея был назначен преподаватель политэкономии доцент Н.И.Брыльков. Поисковую работу вела лаборант кабинета общественных наук З.И.Куторова, а затем Т.А.Петрова, назначенная главным хранителем и экскурсоводом.
В 1980г. решением Министерства сельского хозяйства СССР при кафедре зоологии биолого-химического факультета МарГУ организован опорный пункт по селекции цесарок Всесоюзного научно-исследовательского и технического института птицеводства (ВНИТИП), научным руководителем которого стал профессор Л.Н.Вейцман.
В 1985–1998гг. МарГУ приобрел основные черты сложившегося классического университета. Руководил университетом доктор химических наук, профессор В.П.Ившин По всем направлениям деятельности происходили качественные сдвиги. Увеличился прием студентов: в 1994г. – 590 человек при общем количестве студентов – 3,3 тыс. человек; в 1998г. – 670 человек при общем количестве студентов – 6,1 тыс. человек. Позитивная динамика наблюдалась в росте численности профессорско-преподавательского состава: в 1989г. – 9 докторов, профессоров и 150 кандидатов наук, доцентов; в 1993г. – 23 доктора, профессора и 167 кандидатов, доцентов; в 1998г. – 35 докторов, профессоров и 182 кандидата, доцента. Всего в университете работало 415 преподавателей на штатной основе.
В 1990г. открылась аспирантура для подготовки научных и педагогических кадров. Из года в год увеличивалось количество специальностей: в 1993г. – 18; в 1998г. – 37. В 1992г. открылась докторантура по трем специальностям.
В 2007г. в университете трудилось уже более 700 преподавателей, в том числе 73 доктора наук и свыше 360 кандидатов наук, составившие ядро 11-тысячного коллектива вуза.
В 2000-2007гг. общий объем финансирования научных исследований в МарГУ увеличился в два раза. Доля фундаментальных НИР от общего объема финансирования составляла 51,3 процента. Научно-исследовательская работа выполнялась по 60 темам на базе кафедр, 13 лабораторий и девяти научных центров. Результаты НИР внедрялись в учебный процесс. Проходила модернизация оборудования. Была создана информационно-коммуникационная среда, объединяющая более 860 компьютеров, 24 компьютерных класса.
