В 2008г. Марийский государственный университет вступил в качественно новый этап своего развития, отмеченный реорганизацией в форме присоединения к нему Марийского государственного педагогического института им. Н.К.Крупской. Правовой основой объединения двух крупнейших вузов республики послужило распоряжение Правительства РФ от 16 августа 2007г. №1062-р и приказ Рособразования от 5 сентября 2007г. №1657.
28 мая 2008г. приказом Федерального агентства по образованию №12-011-02/73 Виталий Иванович Макаров был утвержден в должности ректора университета сроком с 29 мая 2008г. по 28 мая 2013г.
Приказом ректора от 1 сентября 2008г. проректорами были назначены Геннадий Иванович Миронов (по учебной работе), Сергей Валентинович Стариков (по научной работе и инновационной деятельности), Андрей Андреевич Ярыгин (по внешним связям и международному сотрудничеству), Алексей Николаевич Попов (по экономическим и социальным вопросам), Владимир Андреевич Сайранов (по развитию вуза), Геннадий Михайлович Танаев (по административно-хозяйственной работе), Иван Германович Хлебников (по дополнительному и профессиональному образованию), Владислав Викторович Тоймурзин (по общим вопросам). Первым проректором по учебной работе стал Виталий Алексеевич Иванов.
24 июня 2008г. был избран новый состав ученого совета МарГУ. В состав совета вошли 43 человека. Ученым секретарем совета стала Т.А.Окулова. Ученый совет утвердил устав вуза, положения о структурных подразделениях учебного заведения, заслушивал отчеты руководства университета. Всего в период с 2008г. по 2011г. состоялось около 50 заседаний, на которых было рассмотрено 180 основных и около 500 конкурсных и выборных вопросов.
Ученый совет совместно с ректоратом занимался формированием управлений, отделов и других подразделений. Особое значение придавалось организации образовательной деятельности. Этому делу, прежде всего, служило учебно-методическое управление. Во главе управления был поставлен кандидат филологических наук, доцент В.Н.Максимов.
Ключевой задачей сотрудников учебно-методического управления и всего коллектива университета в сфере образовательной деятельности стало обеспечение перехода на уровневую систему подготовки кадров. Конкретные задачи по переходу были определены в соответствующей концепции и программе, которые были утверждены 31 марта 2010г. на заседании ученого совета МарГУ.
Важную роль в формировании стратегии университета и в ее реализации играл отдел менеджмента качества образования, созданный в 2006г. Первым его руководителем стала доцент Т.А.Окулова. Центральным звеном всей работы отдела стали планирование и координация работ по созданию и совершенствованию системы менеджмента качества.
Организацией и координацией научно-исследовательской работы в университете занимались научно-технический совет, советы научных направлений, проректор по научной работе и инновационной деятельности, научно-исследовательский сектор, научные лаборатории и центры, кафедры.
Важнейшее направление работы – подготовка кадров высшей квалификации: докторов и кандидатов наук. После объединения вузов этот участок возглавила начальник отдела аспирантуры и докторантуры кандидат биологических наук, доцент И.Н.Михеева. Только в 2009г. сотрудники университета защитили 30 кандидатских и четыре докторских диссертаций, в 2010г. соответственно – 25 и 6.
По мере утверждения в стране рыночных отношений, формирования правового государства заметно возрастала роль юридической службы в университете. После того, как с должности начальника юридического отдела вуза ушел В.А.Кузнецов, имевший большой опыт работы в органах прокуратуры, на его место была назначена Е.В.Лапина.
Управление бухгалтерского учета, финансов и прогнозирования возглавляла кандидат экономических наук, доцент Н.В.Чеснокова.
Добросовестным трудом многих сотрудников отмечена деятельность подразделений административно-хозяйственной части. В их состав входило эксплуатационно-техническое управление (начальник А.С.Смирнов), отдел по охране труда, учебе и пожарной безопасности (В.А.Климичев), отдел снабжения (М.М.Крылов), агробиостанция (Н.А.Келеева), столовая «Меридиан» (М.В.Осипова), спортивно-оздоровительный лагерь «Олимпиец» (В.В.Николаев, В.А.Стекольщиков), санаторий-профилакторий «Учитель» (В.В.Сторожев), гараж (А.С.Ермоленко, А.В.Чесноков).
Большой отряд высококвалифицированных специалистов объединяет информационно-вычислительный центр (создан в 1982г.), который возглавляет Л.В.Курандин.
Важный участок работы МарГУ – делопроизводство. Ответственность за него была возложена на управление документационного обеспечения. Начальник управления – Л.И.Зверева.
Реализацией кадровой политики занималось управление кадрами. После реорганизации университета управление кадрами возглавила Е.В.Маркова.
Серьезные структурные изменения произошли на уровне факультетов. В соответствии с приказом ректора «О структуре университета» от 17 июня 2008г. на базе историко-филологического факультета МарГУ и гуманитарного факультета МГПИ им. Н.К.Крупской были созданы самостоятельные структурные подразделения: исторический факультет (декан И.Ф.Ялтаев, кандидат исторических наук, доцент), факультет филологии и журналистики (декан А.М.Удалов, кандидат исторических наук, доцент), Институт финно-угроведения (директор Р.А.Кудрявцева, доктор филологических наук, профессор).
В 2008г. было создано новое подразделение – факультет психологии и безопасности жизнедеятельности, его деканом стал кандидат психологических наук, профессор А.Г.Смирнов. Этот факультет возник на базе психологического отделения университета и кафедры медико-биологических дисциплин пединститута.
Прошли реорганизацию физико-математический факультет МарГУ и естественнонаучный факультет МГПИ им. Н.К.Крупской с образованием на их основе физико-математического факультета. В 2009г. деканом факультета был избран кандидат физико-математических наук, доцент Н.И.Попов.
Экономический факультет преобразовали в Институт экономики, управления и финансов (директором стал кандидат экономических наук, доцент И.А.Лебедев). В сентябре 2008г. был создан Институт повышения квалификации и переподготовки кадров.
К 2011г. в университете продолжали функционировать юридический факультет (декан – кандидат юридических наук, доцент О.А.Сидоров), биолого-химический факультет (декан – кандидат химических наук, профессор Т.В.Попова), факультет международных отношений, факультет культуры и искусств (декан – кандидат исторических наук, доцент Р.И.Чузаев), электроэнергетический факультет (декан – кандидат технических наук, доцент В.И.Чайкин), факультет физической культуры, спорта и туризма (декан – кандидат педагогических наук, профессор М.М.Полевщиков), факультет технологии и профессионального образования (декан – кандидат философских наук, доцент Л.Г.Смирнова), факультет педагогики и психологии (декан – доктор педагогических наук, профессор Н.С.Морова), факультет начальных классов (декан – кандидат педагогических наук, доцент Ф.В.Гинзбург), факультет иностранных языков (декан – кандидат педагогических наук, доцент Н.И.Арзамасцева).
К 2011г. в университете продолжал действовать ряд институтов: Аграрно-технологический институт (директор – доктор технических наук, профессор Г.С.Юнусов), Институт открытого образования и информационных систем (директор – кандидат педагогических наук, доцент Н.Б.Бакланова). Всего в составе университета к середине 2011г. насчитывалось 5 институтов, 14 факультетов, 72 кафедры.
В июне 2008г. в МарГУ создается ряд новых кафедр. Заведующими кафедрами на юридическом факультете были выдвинуты доцент Л.А.Гаранин (кафедра общеправовых дисциплин), профессор В.А.Иванов (кафедра теории и истории государства и права), на психологическом – профессор С.В.Маланов (кафедра общей психологии) и др. Был укреплен корпус заведующих кафедрами и на физико-математическом факультете: доцент А.И.Козлов (кафедра математики и методики обучения математике), доцент М.В.Петропавловский (кафедра прикладной математики и информатики), А.И.Мурзашев (кафедра теоретической и прикладной физики). В Институте экономики, управления и финансов кафедры возглавили доцент Ф.З.Гумарова (кафедра анализа, финансов и статистики), доцент Л.В.Николаева (кафедра бухучета, аудита и налогообложения), профессор А.А.Смирнов (кафедра организации и управления в аграрно-промышленном комплексе), профессор Е.И.Царегородцев (кафедра экономической кибернетики), доцент Н.С.Садовин (кафедра экономико-математических методов), А.Т.Горинов (кафедра мировой и отечественной экономики), Н.Л.Загайнова (кафедра экономической теории). Продолжили свою работу кафедра педагогики (профессор Н.А.Бирюкова), кафедра философии и политологии (доцент В.Б.Голубев), кафедра физической культуры и спорта (доцент В.Т.Николаев), кафедра иностранных языков № 3 (доцент Г.М.Козыро), кафедра иностранных языков №4 (доцент Н.М.Краснова), кафедра иностранных языков (доцент Г.Б.Хлыбова).
В 2010г. в состав МарГУ вошел Марийский аграрный колледж, и на его базе создан филиал университета, в котором обучалось 550 студентов. Возглавил филиал Н.В.Горячкин.
К 2011г. профессорско-преподавательский состав университета насчитывал около тысячи человек, в их числе 120 докторов наук и профессоров и более 500 кандидатов наук, доцентов.